曇華院は室町時代の尼五山のひとつ、通玄寺に遡る歴史を持つ臨済宗の尼門跡寺院である。通玄寺の開基は順徳天皇の曾孫・智泉尼である。曇華院は皇女が代々の住持（住職）を務めてきた。智泉尼は足利義満の外祖母にあたり、晩年は通玄寺敷地東の曇華庵で過ごしたが、ともに焼失し、後に両者が合併して一つの寺となった。