現在の平等院の地は、9世紀末頃、光源氏のモデルともいわれる左大臣で嵯峨源氏の源融が営んだ別荘だったものが宇多天皇に渡り、天皇の孫である源重信を経て長徳4年（998年）、摂政藤原道長の別荘「宇治殿」となったものである。

社殿のうち本殿は平安時代後期の造営で、神社建築としては現存最古とされる。

本殿 - 三間社流造、檜皮葺。 鎌倉時代後期の造営とされ、国の重要文化財に指定されている。

日本の近世以前の仏教各派の中では最も遅れて開宗した、黄檗宗の中心寺院で、中国・明出身の僧隠元を開山に請じて建てられた。 建物や仏像の様式、儀式作法から精進料理に至るまで中国風で、 日本の一般的な仏教寺院とは異なった景観を有する

宝亀元年（770年）光仁天皇の勅願により南都大安寺の僧行表が創建したものという。

元禄17年建立の全高16メートルの三重塔で、 もとは兵庫県佐用郡（現・佐用町）の高蔵寺にあったものを、明治43年当寺が買い取って参道西方の丘上に移設。 その後境内の現所在地（鐘楼の東隣）に移された。