「中京区油小路通蛸薬師下る東側（本能特別養護老人ホーム前）」に 1994（平成６年）４月、宗祖日蓮大聖人開宗七百五十年の記念として、大本山本能寺第136世日攝（にっしょう）上人により建立される。 「碑文の概要」 この地がかつて法華宗本門流の「本能寺」であったこと。 天正10（１５８２）年の「本能寺の変」で、織田信長が明智光秀に襲われ自刃・焼失した場所であること。当時の寺域は東西150メートル、南北300メートルに及ぶ広大なものだった。事件後、豊臣秀吉の命令により現在の寺町御池へ移転したことなど。

「中京区蛸薬師小川通西南角」 発掘調査で、本能寺の南東隅が判明し、上記の地に新しい石標が建てられる以前からある石碑。

「所在地」中京区蛸薬師通室町西入北側（タキカ㈱前） 南蛮寺は，切利支丹寺・伴天連寺等ともいう16世紀後半のキリスト教布教所の俗称。京都の最初の南蛮寺は，永禄12(1543)年この地に建立され、方四町，和風三階建てで『洛中洛外名所扇面図』に描かれている。天正16(1588)年豊臣秀吉の伴天連追放令に伴い破却された。この石標はその跡を示すものである。